از مسائلی که بر فرآیند تحصیلی تاثیر گذار است مسئله بلوغ جنسی است. در ایران دوره بلوغ معمولاً در دوره اول متوسطه می باشد. ساختار تحصیلی این دوره با دوره ابتدایی از نظر کتاب های درسی و حجم آن ها، معلم و… تفاوت هایی دارد. دروس نیز تا حدودی تخصصی می شود. به همین علت برای هر درسی دبیری جداگانه اختصاص می یابد.

از طرف دیگر، تفاوت در ساختار آموزش مدارس متوسطه باعث می شود تا دانش آموز با قوانین جدیدی مواجه شود و همه این ها مسائل و مشکلات تازه ای را برای دانش آموزان به بار آورد، خصوصاً دانش آموزانی که از یک برنامه ریزی صحیح برخوردار نباشند، بیشتر دچار مشکل می شوند.

در دوره دوم متوسطه باز هم مسئله تخصصی تر شدن دروس شدت می یابد و برحجم کتاب ها نیز افزوده می شود. لذا دبیران این دوره باید از سطح تحصیلات بالاتری نسبت به دوره قبلی برخوردار باشند. از نظر انجام تکالیف، معیار های دوره اول و دوم متوسطه به کلی با دوره ابتدایی متفاوت است. در این دوره مسئولیت انجام تکالیف بیشتر برعهده دانش آموز است.

در این دوره دیگر دانش آموز برای انجام تکالیفش انتظار دریافت مهر صدآفرین و هزار آفرین ندارد. چنانچه نوجوان در این دوره به صورت خودکار و به موقع وظیفه اش را انجام ندهد ازحرکت یادگیری در کلاس همگام با همکلاسی ها و گروه های درسی خود فاصله می گیرد و از آن ها عقب می ماند، به طوری که هر روز بر میزان این عقب ماندگی اضافه می شود.

چنانچه نوجوانی دچار اشکال یادگیری یا ناتوانی در برقراری ارتباط باشد، می توان گفت که مشکل تحصیلی دارد. نوجوانی که داری ضریب هوشی عادی است ولی درگذراندن واحدهای درسی مدرسه ناموفق است یا نمرات بسیار پایینی کسب می کند، دچار مشکلات تحصیلی است.

در به وجود آمدن مشکلات تحصیلی یک دانش آموز در دوره اول و دوم متوسطه معلول یک سری عوامل گوناگون است. در این میان به ظاهر مدرسه به عنوان متغیر مستقل نقش دارد، در صورتی که عوامل مداخله گر زیادی به صورت پنهان در به وجود آمدن مشکلات تحصیلی نقش بازی می کنند.

نوجوانان در طی مراحل رشد، از مکانسیم های مختلفی برای مقابله با مشکلات خود استفاده می کنند. دردوره ابتدایی تا حدود زیادی دانش آموز از حمایت خانواده خود برخوردار است، اما با ورود به دوره متوسطه و انتقال وی به مدارس جدید مسائل مختلفی از قبیل رقابت با همسالان، ابراز وجود در برقراری روابط صمیمانه، یادگیری شیوه تفکر جدید و صحیح، روابط نابهنجار با جنس مخالف، عدم آشنایی درباره مسائل جنبی و عقیدتی برای نوجوان پیش می آید که او را دچار مشکل تحصیلی می کند.

در چنین مواقعی اضطراب توانایی های نوجوان را قبضه می کند و باعث عدم موفقیت او در امتحان می شود. این گونه ناتوانی در طرز صحبت کردن فرد در مقابل دیگران به خوبی مشهود است. لذا از مهم ترین عواملی که چنین رفتارهایی را ایجاد می کند و سبب مشکلات تحصیلی دانش آموزان در دوره متوسطه می توان به وجود خانواده آشفته، درگیری نوجوانان با اولیاء، گرایش به بعضی علایق خاص، عدم اعتدال والدین، تحقیر و سرزنش و مقایسه با دیگران، تبعیض بین دانش آموزان دختر و پسر در ساختار فرهنگی اشاره کرد.